Sử sách không ghi chép giữa bà với Trần Bình Trọng có quan hệ ruột thịt gì hay không. Trần Bình Trọng là con cháu hậu duệ vua Lê Đại Hành, còn Phụ Trần thì mang họ Lê. Một mối quan hệ tương thích đến kì lạ, khi nhìn vào cách phong tước của Trần triều, chữ đầu tiên trong tước hiệu có thể cho biết vị quý tộc đó xuất thân từ gia đình nào. Như con của An Sinh vương Trần Liễu đều mang chữ Hưng (Hưng Đạo vương, Hưng Vũ vương,...), con của Thái Tông Trần Cảnh đều có chữ Chiêu (Chiêu Minh vương, Chiêu Quốc vương, Chiêu Văn vương,...). Còn Trần Bình Trọng lại mang tước Bảo Nghĩa hầu (保義侯) mà Phụ Trần có tước hiệu Bảo Văn hầu. Điều này tăng thêm tính xác đáng của giả thuyết Lê Phụ Trần là cha của Trần Bình Trọng và Trần Bình Trọng có thể là con của Lê Phụ Trần với Lý Chiêu Hoàng[13]. Ngoài ra, căn cứ theo các luật lệ của triều Trần, vốn bài trừ ngoại thích, chỉ tin người trong họ, mà Trần Bình Trọng vốn mang họ Lê, tức là người ngoại tộc, người ngoại tộc phải xông pha trận mạc, công cao lắm mới được gia phong, vậy mà Bình Trọng ít tuổi như vậy đã được phong tước Hầu, thậm chí trước cả khi ông lập công ở trận Thiên Mạc. Điều này là một ân điển, đãi ngộ cực kì hiếm thấy, mà trong khoảng thời gian đó, chỉ có một vị họ Lê còn bé mà được phong Hầu, đó là Thượng vị hầu Lê Tông. Vậy nên có nhiều khả năng, Trần Bình Trọng với Lê Tông cùng là một người, con của Lê Phụ Trần cùng Lý Chiêu Hoàng, anh trai của Ứng Thụy công chúa Lê Ngọc Khuê. Chuyện ban tên, quốc tính không phải hiếm gặp trong nhà Trần, nên do tài năng và công lao, Lê Tông đã được ban họ Trần và đổi sang tên Bình Trọng.

Nếu đúng là như vậy, thì Lý Chiêu Hoàng là một tổ mẫu nhiều đời của Trần Minh Tông, cháu 4 đời của Trần Thái Tông, vì mẹ của Minh Tông là Chiêu Từ Hoàng thái hậu, con gái của Trần Bình Trọng cùng Thụy Bảo Công chúa, một người con gái lớn của Trần Thái Tông.